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No podemos olvidarnos del entorno natural de Atapuerca. Dentro de él destacan los humedales, cinco lagunas que ocupan 16 hectáreas del municipio y que son zona de invernada  y lugar de paso para numerosas aves.

Estas cinco lagunas se sitúan en el Corredor de la Bureba que es el paso de aves migratorias más importante de la Península Ibérica. La ruta rodea las cinco lagunas, empezando por la fuente Cubillo y su lavadero. Según la época del año en la que se visiten los humedales, se pueden observar diferentes especies de aves.

Así por ejemplo, en los meses de primavera y verano, destacan las aves nidificantes como la golondrina, el aguilucho cenizo y la cigüeñuela; de las invernantes el avefría, y sobre todo, diversas especies de anátidas. En primavera y otoño las de paso migratorio como la avoceta, el carricero o el ánsar común. Con presencia durante todo el año, están los azulones, fochas, gallinetas, zampullines y aguiluchos laguneros.

Es aconsejable la visita a los dos observatorios de aves y el centro de interpretación.